SRM/MRMの原理

三連四重極質量分析計によるSRM/MRMを模式的に示しました（下図）。

通常は、液体クロマトグラフと連結した分析システムを使用します。質量分析部に導入されたイオン化ペプチドのうち、最初の四重極(Q1)では設定したm/z値に相当するイオンのみが通過します。通過したイオンは、次の四重極(Q2)の中で不活性ガスとの衝突による開裂反応を起こします。開裂によって生じたイオン群（プロダクトイオン）から、さらに三番目の四重極(Q3)でイオン選択がおこなわれます。実際の測定では、あらかじめQ1とQ3でそれぞれ通過させるm/z値の組み合わせを複数設定しておきます。分析中はこの組み合わせを高速で変換することによって100を超える種類のプロダクトイオンを連続かつ選択的に検出することができます。